木瓜蛋白酶（Papain）簡稱木瓜酶，又稱為木瓜酵素。是利用未成熟的番木瓜（Carica papaya）果實中的乳汁，采用現代生物工程技術提煉而成的天然生物酶制品。它是一種含巰基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質。

木瓜蛋白酶的化學性質：

溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿等有機溶劑。適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI)為8.75；適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會*失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。

木瓜蛋白酶的醫藥工業應用：

1. 食品工業應用

可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、高級口服液、保健食品、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。

2. 細胞培養

木瓜蛋白酶在準備細胞培養液（cell culture）的第一步中被用于分離細胞。用酶處理小組織塊10分鐘后，就可以將連接細胞的細胞外基質打斷；然后再用蛋白酶抑制劑來停止反應，防止木瓜蛋白酶進一步裂解細胞本身；最后用Pasteur pipette將組織塊打散為單細胞懸浮液。

3. 免疫學

在免疫學中，木瓜蛋白酶可被用于將免疫球蛋白（即抗體）的Fc片段（可結晶）和Fab片段（抗原結合）切割開。