AF的檢測方法從最初以薄層層析法為主，發展到高效液相色譜法、微柱法、酶聯免疫吸附法等多種方法普遍應用，其進展與新的化學檢測手段和新儀器的出現密不可分。這些新方法、新手段的快速應用，為黃曲霉毒素的檢測提供了更廣泛的選擇余地，適應了不同的檢測目的和要求。

薄層層析法

薄層層析法（TLC）是測定AF的經典方法，其原理是將樣品經過提取、柱層析、洗脫、濃縮、薄層分離后，在波長365nm紫外光下產生藍紫色或黃綠色熒光，并根據其在薄層上顯示的最/低檢出量來確定其含量。

高效液相色譜法

HPLC具有高分辨率，分析時間較短等優點。它的原理是樣品溶液中欲分離的幾種化合物在流動相和固定相之間有不同的分配量，從而達到分離的目的。AF經柱后電化學衍生化后，能發射特征性熒光，被熒光檢測器捕獲后而得到檢測，最后經化學工作站處理數據。這一檢測方法，將化學分析試驗與領/先的計算機技術結合，使自動化程度得到極大的提高，在試驗空間、人力和儀器都保持不變的情況下，能檢測更多的樣品。HPLC是近幾年發展起來的檢測AFB1的方法，主要是用熒光檢測器檢測。該法快速而準確，但需要昂貴的儀器設備，未能廣泛使用。 

微柱法

微柱法測定AF，是利用微柱管內的硅鎂型吸附劑吸附AF并在365nm紫外光下顯示熒光，其強度與一定濃度的AF含量成正比關系，由此可簡略定量AF。

酶聯免疫吸附法

酶聯免疫吸附法（ELISA）是抗原（或抗體）吸附劑和用酶標記的抗體（或抗原）與標本中的待測物（抗原和抗體）起特異的免疫學反應，用測定酶活力的方法來增加測定的敏感度，是一種定性或半定量的方法。大致采用兩種方法檢測AF：一種是用雙抗體夾心法；另一種是用競爭法。免疫吸附法測定的試劑盒及配套儀器、方法被列入國家標準（GB/T5009 22-1996第二法）。

關于運用酶聯免疫法檢測AFB1的檢測報道也較多，目前國外已有較成熟的檢測食品及飼料中AFB1等真菌毒素的ELISA試劑盒出售，我國自20世紀90年代以來也有一些以ELISA檢測食品及飼料中AFB1的研究報道。

其他方法

（1）溴化熒光分光光度法（SFB）

樣品經甲醇-水混合溶劑提取后，部分提取液通過固相分離進行柱前處理，500μL純化的提取液用溴試劑衍生化后，用熒光檢測計中檢測，樣品熒光吸收度與硫酸喹啉液的吸收度比較可直接換算成AF的總含量。該法已通過AOAC和美國農業部聯邦谷物檢測中心的認證。

（2）超光譜方法（HS）

超光譜法是基于反射能基礎上的一種非侵入無破壞的映像技術，用于農產品檢測中，能夠快速地提供該產品的有關化學和其他方面的內部細節。另據研究報道，培訓黃蜂可用于AF檢測。由于AF主要是由黃曲霉產生的，寄生黃蜂通過培訓能把黃曲霉的氣味和糖水聯系起來，并對這些氣味產生有區別的行為反應，借此來識別目標氣味的存在。這種培訓反應正在應用于儲藏玉米、花生的AF監控和檢測實踐當中，目前還未給出有關的結果評定。

各方法對比

薄層層析法對樣品處理繁瑣，實驗過程復雜，所需時間多，易受雜質干擾，較適合于對AF的定性檢測，是研究AF初期所使用的主要方法。今后，雖然薄層層析法在不斷地改進，并在一般實驗室均可完成操作，但由于它復雜的前處理過程致使在應用中仍然會受到一定程度的限制。

高效液相色譜法測定AF，技術水平要求較高，目前采用這種方法檢測AF較多，但具體一次實驗所使用的化學藥劑和處理途徑差別很大，對實驗結果的精度造成影響，這種方法還應在實踐中進一步改進。但總體上說高效液相色譜法操作較為簡便，同時可檢測多個AF種類，適于大批量樣品的分析。將免疫親和柱與高效液相色譜法結合應用，是目前采用較多的一種方法，今后將被廣泛應用。

微柱法測定AF，主要是用來檢驗AF的存在與否以及快速篩選出超標樣品，而要對AF種類進行區分定量檢驗，則需要對不同AF組分進行分離，再利用其他方法檢測。因此，微柱法并不能完成整個AF檢測過程，僅適用于定性檢驗。

酶聯免疫吸附法操作簡便，使用較為安全，但由于酶本身的不穩定性，用此方法檢驗AF有可能帶來假陽、陰性結果，而且研制出的AF快速測試盒多以測定最/具毒性的種屬為主，食品和飼料工業上利用它來界定食品或飼料中AF的超標問題。酶聯免疫吸附法的檢測精度還有待于提高。

溴化熒光分光光度法的最/大/優/點是檢測時不使用AF對照品，同時快速、靈敏，適合大批量樣品普查，儀器價格也較低，張雪輝等比較了用SFB法和溴衍生HPLC檢測中藥中AF的結果，發現SFB法在測定中藥時可能出現許多假陽性結果。