影響 PCR 反應的五要素：

1、引物

引物是 PCR 特異性反應的關鍵，PCR 產物的特異性取決于引物與模板 DNA 互補的程度。理論上，只要知道任何一段模板 DNA 序列，就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物，利用 PCR 就可將模板 DNA 在體外大量擴增。

設計引物應遵循以下原則：

①引物長度： 15-30bp，常用為 20bp 左右。

②引物擴增跨度： 以 200-500bp 為宜，特定條件下可擴增長至 10kb 的片段。

③引物堿基：G+C 含量以 40-60% 為宜，G+C 太少擴增效果不佳，G+C 過多易出現非特異條帶。ATGC 蕞 hao 隨機分布，避免 5 個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。

④避免引物內部出現二級結構，避免兩條引物間互補，特別是 3'端的互補，否則會形成引物二聚體，產生非特異的擴增條帶。

⑤引物 3'端的堿基，特別是蕞末及倒數第二個堿基，應嚴格要求配對，以避免因末端堿基不配對而導致 PCR 失敗。

⑥引物中有或能加上合適的酶切位點，被擴增的靶序列最 hao 有適宜的酶切位點，這對酶切分析或分子克隆很有好處。

⑦引物的特異性：引物應與核酸序列數據庫的其它序列無明顯同源性。引物量：每條引物的濃度 0.1～1umol 或 10～100pmol，以蕞低引物量產生所需要的結果為好，引物濃度偏高會引起錯配和非特異性擴增，且可增加引物之間形成二聚體的機會。

2、酶

目前有兩種 Taq DNA 聚合酶供應， 一種是從棲熱水生桿菌中提純的天然酶，另一種為大腸菌合成的基因工程酶。催化一典型的 PCR 反應約需酶量 2.5U（指總反應體積為 100ul 時），濃度過高可引起非特異性擴增，濃度過低則合成產物量減少。

3、dNTP

dNTP 的質量與濃度和 PCR 擴增效率有密切關系，dNTP 粉呈顆粒狀，如保存不當易變性失去生物學活性。dNTP 溶液呈酸性，使用時應配成高濃度后，以 1M NaOH 或 1M Tris。HCL 的緩沖液將其 PH 調節到 7.0～7.5，小量分裝， -20℃ 冰凍保存。多次凍融會使 dNTP 降解。

在 PCR 反應中，dNTP 應為 50～200umol/L，尤其是注意 4 種 dNTP 的濃度要相等 ( 等摩爾配制)，如其中任何一種濃度不同于其它幾種時 (偏高或偏低)，就會引起錯配。濃度過低又會降低 PCR 產物的產量。dNTP 能與 Mg2+結合，使游離的 Mg2+濃度降低。

4、模板

模板核酸的量與純化程度，是 PCR 成敗與否的關鍵環節之一，傳統的 DNA 純化方法通常采用 SDS 和蛋白酶 K 來消化處理標本。SDS 的主要功能是：溶解細胞膜上的脂類與蛋白質，因而溶解膜蛋白而破壞細胞膜，并解離細胞中的核蛋白，SDS 還能與蛋白質結合而沉淀；蛋白酶 K 能水解消化蛋白質，特別是與 DNA 結合的組蛋白，再用有機溶劑酚與 lv 仿抽提掉蛋白質和其它細胞組份，用乙醇或異丙醇沉淀核酸。提取的核酸即可作為模板用于 PCR 反應。
一般臨床檢測標本，可采用快速簡便的方法溶解細胞，裂解病原體，消化除去染色體的蛋白質使靶基因游離，直接用于 PCR 擴增。RNA 模板提取一般采用異硫氰酸胍或蛋白酶 K 法，要防止 RNase 降解 RNA。

5、Mg2+濃度

Mg2+對 PCR 擴增的特異性和產量有顯著的影響，在一般的 PCR 反應中，各種 dNTP 濃度為 200umol/L 時，Mg2+濃度為 1.5～2.0 mmol/L 為宜。Mg2+濃度過高，反應特異性降低，出現非特異擴增，濃度過低會降低 Taq DNA 聚合酶的活性，使反應產物減少。